Regatul apostolic al Ungariei sucomba sub loviturile unei alte amenintari venite dintr-un areal extraeuropean, imperiul sultanilor, deveniti succesori de data recenta ai califilor Islamului. Natiunea maghiara pierdea odata cu infrangerea de la Mohacs corolarul politic al existentei sale, chiar daca traditia acestuia a continuat intr-o expresie sublimata in forma viitorului Principat al Transilvaniei, iar succesiunea regatului a trecut in patrimoniul Casei de Austria. Dezastrul militar a fost completat de cateva decenii de razboi civil, care i-a opus pe legitimistii grupati in jurul reginei vaduve Maria si a fratelui acesteia Ferdinand de Habsburg sip e exponentii asa-numitei partide nationale, care preferau mentinerea libertatilor natiunii nobile maghiare, garantate de un rege ales de Dieta, forul reprezentativ al categoriilor sociale privilegiate. Insusi sultanul Suleiman Magnificul pare sa nu fi avut un plan concret pentru Ungaria, iar pasalacul de la Buda, infiintat in 1542, a fost mai curand o consecinta militara a confruntarii cu Habsburgii decat expresia unui interes politic sau teritorial. Pentru Transilvania, aceasta perioada de instabilitate politica si de violente factioniste a insemnat o provocare pentru esafodajul social-politic si confesional.
Coordonatele mentalului politic al locuitorilor implicate in luarea de decizii, asa cum il putem reconstitui prin apelul la surse, erau structurate in maniera similara cu restul Ungariei, discursul dominant era cel al traditiei scitice, al legitimitatii nobilimii ca parte integranta a Sfintei Coroane si pastratoare a traditiei libertatii ungurilor. Solidaritatea corporativa a nobilimii insuma dimensiuni politice si xenofobe. Era parlamentarismului de care vorbeste Pall Engel a insemnat trecerea initiative politice sub controlul Dietei si al institutiilor locale dominate de reprezentantii nobilimii mici si mijlocii, iar responsabilitatea esentiala a acestora consta in apararea obiceiurilor si sfintelor legi ale Ungariei de influentele straine. Obiectul acestei diferente au fost nu atat infidelii, cat austriecii si strainii din anturajul Curtii, socotiti agenti ai Habsburgilor. Nationalismul nobiliar a cunoscut si manifestari in plan economic, o tema pe ordinea de zi a dietelor a fost data de influenta agentilor bancherilor Fugger din Augsburg asupra minelor regale. O dimensiune in egala masura etnica si sociala a fenomenului s-a manifestat prin ostilitatea nobilimii fata de incercarile oraselor de a participa la viata politica a regatului prin reprezentarea in Dieta. Ca in intreaga Europa Iagelona, rivalitatea urban-rural s-a grefat pe mefienta dintre majoritate si minoritatile de oaspeti germani, transpusa in separare administrative si de la un moment dat in competitie pentru putere. Mutatii inca mai profunde cunostea si grila valorilor spirituale, marcata de fenomene care se manifestasera in Apus cu o generatie in urma. Societatea resimtea tot mai acut precaritatea asistentei religioase si lipsa unui cler regular instruit doar in administrarea sacramentelor.
Diferentierile sociale care-I divizau pe oamenii bisericii si polarizarea sociala pe care generalizarea relatiilor de schimb a favorizat-o a determinat o serie de prelati, mai ales membrii ai unor ordine calugaresti, sa critice in predici rostite in limba poporului viciile celor puternici, iar consecintele unor astfel de atitudini au fost miscarile sociale din 1514 si cea mai putin mentionata din Banat din 1527.
Clujul sfarsitului de Ev Mediu a resimtit din plin aceste sensibilitati, iar locuitorii sai s-au implicat activ in evenimentele vremii. Istoria premoderna a Clujului se suprapune pana la identificare cu istoria Transilvaniei, cel putin in datele mai vizibile pentru public, constand in momentele de dezvoltare sau de criza. Orasul privilegiat de marii regi ai Ungariei a beneficiat de restauratia libertatilor corporative care a guvernat geneza Principatului Transilvaniei si a gasit in noul climat ideologic argumente pro causa. Situarea sa inafara jurisdictiei universitatii saxone l-a scutit de implicarea prea activa in confruntarile militare din prima jumatate a secolului al XVI-lea, iar prosperitatea economica si pozitia geografica i-a conferit o importanta esentiala pentru schimburile Transilvaniei cu centrele de desfacere din Europa Centrala si din zona baltica, mult mai dificile odata cu institutionalizarea prezentei otomane in central si sudul Ungariei. Importanta economica a Clujului a crescut pe durata urmatoarelor doua secole, pe masura cresterii importantei arterelor comerciale care conectau Germania si Tarile de Jos cu bazinele cerealiere si furnizoare de vite din sud-est. Pragmatismul economic a creat o baza de solidaritate a intereselor intre patriciatul orasenesc si puterea politica, Clujul fiind in general de partea autoritatii voievodale si apoi princiare in momente dificile pentru aceasta, cum au fost revoltele taranesti sau insurgentele nobiliare. La nivelul comunitatii clujenilor, interdependentele mai complexe in raport cu realitatile din proximitate, impuse de imprejurarile exceptionale, au determinat transformari etnice si demografice de structura.
Elementul maghiar a devenit preponderent in randul populatiei urbane, iar inca in primele decenii ale secolului al XVI-lea au fost remarcate primele tendinte de asimilare a elementului saxon. Tendinta a fost documentata in mai mare masura pentru orasele din vestul Transilvaniei, prin consultarea registrelor parohiale si a datelor statistice pastrate in Urbarii, dar in cazul Clujului, preliminariile sale pot fi detectate la nivelul biografiilor unor personalitati culturale. Initial, faptul nu a avut un character ofensiv si premeditat, similar cu expulzarea germanilor din Praga husita, fiind mai curand expresia dinamicii populatiei din nord-vestul Transilvaniei, dar sinuozitatile confesionale au avut rolul lor in diversele faze ale proiectiei Clujului ca bastion al identitatii maghiare. Ascensiunea metropolei ardelene nu s-a produs cu precadere in sfera relatiilor economice, chiar daca legaturile sale cu lumea germana au avut o anumita semnificatie din acest punct de vedere, ci in planul transformarilor spirituale, al revolutiei culturii scrise si a valurilor religioase care afectau fundamentele societatii europene contemporane. Clujul devine un punct de referinta pe harta Reformei protestante si a reactiei catolice care i-a succedat, membrii ai comunitatii au aderat la disidentele confesionale care s-au manifestat si in Transilvania si au avut un rol esential in cristalizarea realitatii pe care istoricii o considera unice sub aspectul coexistentei relativ pasnice a tarii cu trei natiuni si patru religii recepte. Explicatiile pentru eflorescenta spirituala sunt de cautat in eclectismul circulatiei ideilor specific unui centru commercial in contact cu mediile universitare europene, in disponibilitatile traditionale ale locuitorilor spre libertate si contestatie, si deopotriva in circumstantele obiective create de slabiciunea puterii centrale si a autoritatii ecleziastice catolice, in masura sa inhibe eventuale inovatii de ordin religios. La Cluj a fost infiintata una din primele tipografii din Transilvania, gratie eforturilor lui Gaspar Helth (Gaspar Heltay) si tot aici si-au gasit aderenti tezele lui Martin Luther, propagate de tinerii clujeni care studiasera la Wittenberg. Succesul difuzarii curentelor protestante in Transilvania este legat de activitatea unui alt teolog clujean, german vorbitor de maghiara, Francisc David, a carui biografie intelectuala ilustreaza dramele si oscilatiile unei societati in schimbare, sublimate la nivelul unei existente individuale. Initial un adept fervent al ideilor lutherane, acesta a fost captivat ulterior de alternativa propusa de Jean Calvin, optand in ultima instanta pentru curentele protestante pe care autoritatile teologice protestante le vor denunta ca erezii. Ca si in alte spatii, protestantismul transilvan a beneficiat si de suportul establishmentului social si politic, dar si de atitudinea binevoitoare a sultanului, in conditiile in care Casa de Austria se identifica cu cauza bisericii catolice. Contextul nu diminueaza insa importanta sensibilitatilor oamenilor vremii pentru aspectele religioase, important ape care acestia o acordau unor aspecte ce tin de pietatea publica si private, de normele etice si mantuirea prin credinta.
Atmosfera generala din Transilvania si pluralismul confesional al Clujului a atras atentia protestantilor radicali, adepti ai teoriilor lui Miguel Servet si ale reformatorilor italieni. Adeptii acestei interesante incercari de sinteza intre doctrina crestina si rationalismul sceptic al Renasterii, au fost repudiate de exponentii marilor scoli teologice protestante, iar executia lui Servet la Geneva a relevat limitele pana la care societatea premoderna era dispusa sa mearga in reformarea institutiilor si fundamentelor credintei. Protestantii radicali, cunoscuti ca unitarieni sau antitrinitarieni, contestau anumite parti ale Noului Testament, erau ostili cultului sfintilor si insistau asupra naturii umane a lui Iisus. Persecutiile la care au fost expusi i-au adus la frontierele rasaritene ale crestinatatii pe care o cunosteau, in Transilvania si Polonia. Unul din cei care a aderat cu entuziasm la ideile acestora a fost vesnicul reformator Francisc David, leaderul spiritual al comunitatii clujene si rectorul Colegiului din oras. Predicile sale s-au bucurat de succes in randul credinciosilor, iar comunitatea celebra disputa cu calvinii care l-a opus lui Peter Meliusz Juhasz, personalitate normativa a calvinismului maghiar a ramas in memoria colectiva a locuitorilor cetatii. Chiar daca viata si cariera sa teologica se vor incheia in conditiile tragice ale detentiei, comunitatea unitariana va supravietui la Cluj, iar azi prezenta sa a devenit o marca a identitatii culturale a orasului. Cu toata ponderea sa minoritara, principii si dietele Transilvaniei nu au intreprins nimic in vederea distrugerii acestei insolite forme de credinta. Domnia lui Stefan Bathory a plasat Clujul in centrul preocuparilor acestui stalp al catolicismului in Transilvania in vederea restaurarii influentei religiei sale. Aici a functionat din 1575 Colegiul Iezuit, considerat azi un antecesor al universitatii. Una din consecintele dinamicii religioase a fost si exodul partial al populatiei germane, ramasa fidela Reformei Evanghelice. Ponderea populatiei maghiare si protestante a conectat si mai mult orasul la cauza libertatii Transilvaniei, amenintate de pretentiile restauratoare ale Casei de Habsburg si de initiativele romanesti de peste Carpati. Conduita clujenilor pe durata guvernarii lui Mihai Viteazul si cunoscuta executie a unor colaboratori ai acestuia este relevanta din acest punct de vedere.
Epoca principilor calvini a fost un timp al prosperitatii economice si al reafirmarii interesului puterii de stat pentru un parteneriat cu orasele. Dezvoltarea s-a facut simtita prin sporul demografic si prin transformarea orasului in pol de atractie pentru diverse categorii sociale. Faptul a avut urmari la nivelul comportamentelor cotidiene, cercetarile din ultimii ani surprinzand aspecte tipice marilor aglomerari urbane, precum noi tipuri de infractiuni, o morala privata mai relaxata sau obiceiuri culinare importate. Forta economica a cetatii este ilustrata chiar intr-unul din momentele de pericol, asediul otoman din 1659, cand Clujul a putut achita o mare suma de bani drept rascumparare, in contextul revoltei principelui Gheorghe Rakoczy al II-lea.
Reconquista Europei Centrale care a urmat esecului ofensivei otomane din 1683 in fata Vienei a readus Transilvania si metropola sa din nord-vest in cadrele ansamblului de state si natiuni guvernat de Casa de Austria. Noua stare de lucruri a prilejuit noi manifestari ale particularismului clujean, confruntat cu provocarile uniformizarii modelului confesional si civilizational care determinase dealtfel si insurgent majoritatii societatii maghiare. Prezumtiva participare a clujenilor la revolta lui Francisc Rakoczy al II-lea a determinat masuri radicale din partea generalului Rabutin, care in 1704 a ordonat distrugerea fortificatiilor exterioare ale cetatii si chiar daca odata cu pacificarea principatului, autoritatile vor construi fortificatia de tip Vaubant, actuala Cetatuie, Clujul a iesit din istoria militara. Aceasta nu a fost insa o pierdere, apartenenta la Monarhia Habsburgica a insemnat un nou impuls pentru dezvoltarea economica si pentru consolidarea Clujului in postura de capitala mai mult sau mai putin oficiala a Marelui Principat al Transilvaniei. Orasul a cunoscut paradigmele arhitecturii baroce, mai ales datorita edificiilor religioase care au insotit restauratia catolica, iar amenajarea urbana s-a pliat modelului central-european. , Preocuparea pentru invatamant pe care a incorporate-o reformismul terezian sic el iosefin s-a tradus prin incercarea de a fonda la Cluj o universitate germane. Etapa de istorie a Transilvaniei deschisa de fenomenul pe care Pierre Chaunu l-a numit trecerea de la mica la marea Europa a insemnat pentru Cluj nadirul libertatilor sale medieval si participarea la experimental de modernizare pe care l-a initiat Monarhia Habsburgica.